PDB-MCP-Server

Name: PDB-MCP-Server
Rating: 2.1 (24 reviews)
Author: Augmented-Nature

by Augmented-Nature·★ 24·综合分 42

一个提供蛋白质数据库结构访问功能的 MCP 服务器，支持搜索、获取和下载。

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5 个月前

概述

PDB-MCP-Server 是一个专业的 MCP 服务器，提供对蛋白质数据库 (PDB) 的编程访问，该数据库包含蛋白质、核酸和复合物的三维结构信息。它提供了从关键词搜索到详细结构检索和质量指标的全面功能。该服务器与 RCSB PDB API 集成，提供全面的生物结构信息。

装完之后，这里有 5 个你可以让 AI 做的事：

你:结构生物学家研究蛋白质结构进行药物发现

你:科学家分析大分子复合物及其相互作用

你:教育机构提供结构生物学数据集访问

你:此服务器提供哪些数据格式？

你:我可以按 UniProt 登录号搜索结构吗？

如果您需要直接访问蛋白质数据库进行分子生物学研究，并且现有工作流程需要通过编程方式访问 PDB 数据，请选择此 MCP 服务器。

如果您需要实时可视化功能，或者需要访问尚未存入 PDB 的实验性蛋白质结构预测数据，请不要选择此服务器。

从 README 抽取出 5 个工具

search_structures
Search PDB database for protein structures by keyword, protein name, or PDB ID
get_structure_info
Get detailed information for a specific PDB structure
download_structure
Download structure coordinates in various formats (PDB, mmCIF, mmTF, XML)
search_by_uniprot
Find PDB structures associated with a UniProt accession
get_structure_quality
Get structure quality metrics and validation data

alphafold-mcpuniprot-mcprcsb-api-client

npm install
npm run build

在 Claude Desktop 中，将其添加到您的 claude_desktop_config.json 文件中：

{
  "mcpServers": {
    "pdb-server": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/pdb-server/build/index.js"]
    }
  }
}

此服务器提供哪些数据格式？: 该服务器提供 PDB、mmCIF、mmTF 和 XML 格式的结构坐标，以及验证数据和质量指标。
我可以按 UniProt 登录号搜索结构吗？: 是的，服务器包含 search_by_uniprot 工具，可以查找与特定 UniProt 登录号关联的 PDB 结构。

最后更新于 2026-05-17 · 由 README + GitHub 公开数据自动生成。