sparql-llm

概述

SPARQL-LLM是一个全面的解决方案，结合了MCP服务器、聊天系统和可重用组件，用于增强LLM生成生物数据库SPARQL查询的能力。它提供工具来检索相关文档、类模式以及执行针对UniProt和Bgee等端点的SPARQL查询。该系统结合了检索增强生成(RAG)和通过端点模式的SPARQL查询验证，确保在大规模知识图谱上的查询生成准确性。

试试问 AI

装完之后，这里有 5 个你可以让 AI 做的事：

• retrieve_relevant_documents

  Retrieve relevant documents to help writing SPARQL queries for SIB biodata resources

  试试:Find me examples of SPARQL queries for protein information试试:Show me documents about gene expression patterns in different species
• retrieve_relevant_classes_schema

  Retrieve relevant class schema to help writing SPARQL queries for SIB biodata resources

  试试:Get me the class schema for protein annotations试试:Show me the available classes in the UniProt endpoint
• execute_sparql_query

  Execute a SPARQL query against a specified endpoint

  试试:Find all proteins from human that have 'kinase' in their name试试:Get all metabolic pathways involving lipids from SwissLipids

可对比工具

安装

pip install sparql-llm

uv add sparql-llm

{
  "servers": {
    "expasy-mcp": {
      "type": "stdio",
      "command": "uvx",
      "args": [
        "sparql-llm"
      ]
    }
  }
}

{
	"servers": {
		"expasy-mcp-http": {
			"url": "https://chat.expasy.org/mcp/",
			"type": "http"
		}
	}
}

FAQ

这个MCP服务器支持哪些生物端点？

服务器支持多个SIB生物数据资源，包括通过SPARQL端点访问的UniProt、Bgee、OMA、SwissLipids和Cellosaurus。

如何使用此系统验证我的SPARQL查询？

您可以使用验证功能检查所使用的谓词/类型是否符合目标SPARQL端点的VoID描述。它支持联邦查询和路径模式。

sparql-llm 对比